「月刊コミック電撃大王」で2005年から連載されている漫画版。
アニメ版と同じくufotableのスタッフが企画・製作。
脚本はアニメと同じく金月龍之介さん。

まなびをはじめとする生徒会が聖桜を盛り上げるべく奮闘する大筋は
アニメ版と同じですが、ストーリー展開は大きく異なります。

アニメでは後半に向かうにつれ
学園祭という一つの目標に話の焦点が絞られていましたが、
漫画版では学園祭の扱いはそれほど大きくなく（一応3巻ではメインですが）、
その他にも様々な出来事が描かれています。

みかん関連をはじめとしてちょくちょく軽い百合ネタが出てきますが、
特におすすめのエピソードは第10話（コミック2巻に収録）です。

ある日、芽生は桃葉が側にいるとなぜかドキドキしている自分に気付きます。
その原因を考えた芽生は、これは恋に違いないという結論に行き着きます。

女の子同士の恋なんて不潔かも・・・芽生はそう悩みつつも、
「好きになることに性別なんて関係無い」と一大決心をして
桃葉に積極的に接近していていきます。
やがて2人は、頻繁に2人きりで放課後デートしたりするいい感じの仲に。

デートの帰り道、芽生は桃葉に思い切って告白を・・・しようとするのですが。

こんなオチが待っています。

ちなみにこの頃のことは２人にとって結構印象的だったらしく、
最終回でちょっと触れられています。

桃「めいたんはももに恋してるですか？」
芽「な、何言ってるのよ！」
桃「そういう気配を感じたことがあったの」
む「恋する乙女の目だったぜあれは」
芽「気のせいです！」
桃「な〜んだ、めいたんなOKだったのにな〜」
芽「えっ・・（ポッ」
桃「な〜んちゃって」
芽「な・・・」
む「やっぱりまんざらでもなさそうだな！」